Gründe:

I. Der Kläger und Beschwerdeführer (Kläger) ist Insolvenzverwalter in dem im Februar 2000 eröffneten Insolvenzverfahren über das Vermögen der Schuldnerin. Im Januar 2004 gab der Kläger für die Schuldnerin eine Umsatzsteuererklärung für 2001 ab, mit der (u.a.) wegen Berichtigung von vor Insolvenzeröffnung entstandener uneinbringlicher Forderungen negative Umsätze erklärt wurden. Aus der Erklärung ergab sich nach Abzug bereits an den Kläger geleisteter Zahlungen ein Erstattungsbetrag in Höhe von ... EUR, den der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt --FA--) mit rückständiger Umsatzsteuer für Oktober 1999 verrechnete. Nachdem der Kläger insoweit Einwendungen erhoben hatte, erließ das FA einen entsprechenden Abrechnungsbescheid.