Gründe:

I. Die Beteiligten streiten über die steuerliche Behandlung von Zuschlägen für Sonntags-, Feiertags- und Nachtarbeit, die eine GmbH ihrem Gesellschafter-Geschäftsführer gezahlt hat.

Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist eine GmbH, die in den Streitjahren (2000 bis 2002) eine Gaststätte betrieb. Alleiniger Gesellschafter und Geschäftsführer der Klägerin war in den Streitjahren N. Dieser hatte mit der Klägerin einen Arbeitsvertrag geschlossen, nach dem ihm ein monatliches Grundgehalt (zunächst von 10 500 DM, seit 1. Februar 2000 von 7 500 DM und ab 1. April 2000 von 8 170 DM) sowie die Benutzung eines Firmenwagens und eine betriebliche Altersversorgung zustanden. Ferner war vereinbart, dass N für Arbeitsstunden nach 20 Uhr sowie an Sonn- und Feiertagen "die nach § 3b EStG zulässigen steuerfreien Zuschläge" erhalten solle. Diese Zuschläge sollten pauschal ausgezahlt werden, und zwar zunächst mit 2 912 DM und nach der ersten Vertragsänderung mit 2 427,36 DM pro Monat. Im Dezember eines jeden Jahres sollte "eine Endabrechnung über die tatsächlich geleisteten Nacht-, Sonn- und Feiertagsstunden" erfolgen; ein hiernach überzahlter Betrag sollte "im Dezember entsprechend ausgeglichen" werden, während ein sich ergebender zu wenig gezahlter Betrag nicht ausgezahlt werden sollte.