Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdegegnerin (Klägerin) erwarb im Dezember 2001 die in X belegenen Nachbargrundstücke B-Straße 39a, 39b und 40. Der Erwerb des Grundstücks B-Straße 39a erfolgte umsatzsteuerpflichtig. Auf diesem Grundstück befand sich ein Laden- und Bürogebäude im Rohbauzustand, welches anschließend von der Klägerin fertig gestellt und vermietet wurde. Soweit die Mieter keine Unternehmer waren, erfolgte die Vermietung umsatzsteuerfrei, im Übrigen zulässigerweise steuerpflichtig.

Neben dem Laden- und Bürogebäude errichtete die Klägerin ein Parkdeck mit 30 Stellplätzen. Die Stellplätze vermietete sie an die Mieter des neu errichteten Laden- und Bürogebäudes sowie an eine Mietpartei des Gebäudes B-Straße 40.