Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist eine eingetragene Genossenschaft und Rechtsnachfolgerin eines Betriebes der ehemaligen Deutschen Demokratischen Republik (DDR), der X. Für die von der X errichteten Gebäude war kein nach dem damaligen Zivilgesetzbuch der DDR vorgesehenes gesondertes Gebäude-Grundbuch angelegt worden. Die Klägerin hatte einen Antrag auf Feststellung selbständigen Gebäudeeigentums bei der Oberfinanzdirektion sowie auf Bodenneuordnung gestellt. Das Betriebsgrundstück selbst stand im Eigentum der Erbengemeinschaft L.

Nachdem die Erbengemeinschaft L das Betriebsgrundstück einschließlich aufstehender Gebäude für 1,8 Mio. DM veräußert hatte, vereinbarte die Klägerin mit der Erbengemeinschaft in einem notariellen Vertrag die Zahlung eines "Abfindungsbetrages" von 575 000 DM "für den Verzicht auf eventuelle Nutzungs- und Eigentumsrechte".

Der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt) sah die Abfindungszahlung als Entgelt für eine steuerbare und steuerpflichtige sonstige Leistung der Klägerin an die Erbengemeinschaft L an.