Gründe:

I. Die Klägerin, Revisionsbeklagte und Revisionsklägerin (Klägerin), eine GmbH & Co. KG, ist im Bereich der Metallbearbeitung tätig. Die Komplementär-GmbH ist am Vermögen der Klägerin nicht beteiligt. Einziger Kommanditist der Klägerin ist Herr X (der Beigeladene). Das Geschäftsjahr der Klägerin ist das Kalenderjahr.

Durch notariell beurkundeten Verschmelzungsvertrag vom 4. Juli 1996 übertrugen die P-GmbH und die A-GmbH, deren alleiniger Gesellschafter ebenfalls der Beigeladene war, ihr Vermögen als Ganzes im Wege der Verschmelzung durch Aufnahme auf die Klägerin. Der Verschmelzung lagen nach dem Verschmelzungsvertrag die Bilanzen der P-GmbH und der A-GmbH zum 31. Dezember 1995 zu Grunde. Das Geschäftsjahr der P-GmbH und der A-GmbH war das Kalenderjahr. Die Verschmelzung erfolgte im Innenverhältnis mit Wirkung zum 1. Januar 1996, 00.05 Uhr. Die Verschmelzung wurde im Handelsregister eingetragen.

Der P-GmbH waren in den Jahren 1984 bis 1990 Investitionszulagen in Höhe von insgesamt 354 967 DM gewährt worden. Diese Beträge waren bei der Gliederung des verwendbaren Eigenkapitals (EK) der P-GmbH gemäß § 30 Abs. 1 Nr. 3, Abs. 2 Nr. 2 des Körperschaftsteuergesetzes (KStG) a.F. beim EK 02 als sonstige, nicht der Körperschaftsteuer unterliegende Vermögensmehrungen erfasst worden.