Die Prüfung, ob die gesetzlichen Voraussetzungen für die Steuerfreiheit der Stipendien nach § 3 Nr. 44 EStG vorliegen, hat das Finanzamt vorzunehmen, das für die Veranlagung des Stipendiengebers zur Körperschaftsteuer zuständig ist oder zuständig wäre, wenn der Geber steuerpflichtig wäre (R 3.44 EStR 2008). Dieses Finanzamt hat auf Anforderung des Stipendienempfängers oder des für ihn zuständigen Finanzamtes eine Bescheinigung über die Voraussetzungen des § 3 Nr. 44 Satz 3 Buchstabe a und b EStG zu erteilen bzw. abzulehnen.
Nach dem BFH-Urteil vom 15.09.2010 (BStBl 2011 II, 637) kann eine in der EU oder dem EWR ansässige gemeinnützige Körperschaft, Personenvereinigung oder Vermögensmasse im Sinne des § 5 Abs. 1 Nr. 9 KStG unabhängig von einer inländischen Steuerpflicht Stipendien vergeben, die nach § 3 Nr. 44 EStG steuerfrei sind, da eine steuerliche Schlechterstellung solcher Institutionen eine Beschränkung des freien Kapitalverkehrs darstellen würde.
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