Gründe:

1. a) Die Beschwerde war als unzulässig zu verwerfen, soweit sie sich gegen die Nichtzulassung der Revision betreffend die Bescheide über die Feststellung eines vortragsfähigen Gewerbeverlustes auf den 31. Dezember 1993 und 31. Dezember 1994 richtet. Das Finanzgericht (FG) hat die Klage insoweit wegen fehlenden Vorverfahrens als unzulässig abgewiesen. Das Urteil kann in diesem Punkt weder auf den von der Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) bezeichneten Rechtsfragen noch auf dem gerügten Verfahrensfehler beruhen. Die mit der Beschwerde erhobenen Rügen sind diesbezüglich unschlüssig.

b) In Bezug auf die angefochtenen Gewinnfeststellungs- und Gewerbesteuermessbetragsbescheide ist die Beschwerde jedoch zulässig und begründet. Der Revisionszulassungsgrund der grundsätzlichen Bedeutung der Rechtssache gemäß § 115 Abs. 2 Nr. 1 der Finanzgerichtsordnung (FGO) ist ordnungsgemäß gerügt; seine Voraussetzungen sind erfüllt. Von einer weiter gehenden Begründung hierzu wird nach § 116 Abs. 5 Satz 2 FGO abgesehen.