1. Der Bescheid über Körperschaftsteuer 2006 vom 29. Sept. 2008 wird dahin geändert, dass die Körperschaftsteuer auf Null festgesetzt wird.
Im Übrigen wird die Klage abgewiesen.
2. Die Kosten des Verfahrens einschließlich der Kosten des Revisionsverfahrens vor dem BFH (Az.: I R 62/11) trägt der Kläger zu ¾, der Beklagte zu ¼.
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