Gründe:

I. Die Klägerin und Beschwerdeführerin (Klägerin) ist belgische Staatsangehörige und lebte von 1977 bis 2006 in der Bundesrepublik Deutschland (Bundesrepublik). Als Angehörige der belgischen Streitkräfte konnte sie über eine Wohnung in X frei verfügen. Sie wohnte dort mit dem Beigeladenen, mit dem sie von 1978 bis 2000 verheiratet war, und den fünf gemeinsamen Kindern. Der Beklagte und Beschwerdegegner (das Finanzamt) veranlagte mit Bescheid für 1996 vom 21. Dezember 2004 und für 1997 vom 16. Dezember 2004 die Klägerin und den Beigeladenen zusammen zur Einkommensteuer. Hiergegen machte die Klägerin geltend, sie habe die Zustimmung zur Zusammenveranlagung nur erteilt, um gegen die Einkommensteuerbescheide selbst vorgehen zu können. Gemäß Art. X Abs. 1 Satz 1 des Abkommens zwischen den Parteien des Nordatlantikvertrages über die Rechtsstellung ihrer Truppen vom 19. Juni 1951 --NATOTrStat-- (BGBl II 1961, 1190) habe sie als Angehörige der belgischen Streitkräfte nicht der unbeschränkten Steuerpflicht unterlegen, was eine Zusammenveranlagung ausschließe.