Die Klägerin ist eine Gesellschaft bürgerlichen Rechts, die im Kreiskrankenhaus in A ein Röntgeninstitut betreibt. Sie befindet sich in einem so genannten gesperrten Planungsbereich mit den sich aus § 103 SGB V ergebenden Zulassungsbeschränkungen für Radiologen.
Zum 01.01.2006 ist Herr B aus der Gesellschaft ausgeschieden. Er wurde mit Beschluss vom 13.03.2008 zum Verfahren notwendig beigeladen.
2006 führte das Finanzamt für Groß- und Konzernbetriebsprüfung C bei der Klägerin eine Betriebsprüfung für die Jahre 2000 bis 2005 durch, deren Ergebnisse sich aus dem Bericht vom 15.11.2006 ergeben. Hinsichtlich der steuerlichen Beurteilung des Erwerbs des Vertragsarztsitzes von Frau D. (Tz. 2.2 des Betriebsprüfungsberichtes) konnte keine Einigung erzielt werden.
Dem liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
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